Om haar visie te verwezenlijken zal de federatie de volgende missie uitvoeren:

• de belangen behartigen van haar leden, door aangepaste beleidskaders en regelgeving bij overheden te bedingen; en door de ngo's als groep duidelijk te positioneren in relatie tot de privé sector, tot de geïnteresseerde publieke opinie en tot andere relevante spelers.
• de kwaliteit van de sector bevorderen: binnen een erkend kwaliteitskader een professionele ngo-sector uitbouwen die de uitdagingen en veranderingen van internationale samenwerking aankan,
• de fundamentele dienstverlening aan haar leden waarborgen en verzakelijken, en dit via advies, verstrekken van informatie, vertegenwoordiging, transparantie, ...